1885年，時值清光緒11年，6月12日英國宣教師巴克禮牧師發行台灣第1份報紙《台灣府城教會報》，此即為《台灣教會公報》前身。巴克禮在《台灣府城教會報》的發刊詞中點出，漢字難學，使用者有限。為了傳達教會消息方便，並兼有教育信徒的使命，故採用本土化的廈門音白話字印製報刊。

《台灣府城教會報》除了教會消息之外，也記載了當時台灣的政治、軍事、經濟、及民情風俗等消息。如1885年台灣最早的中學及盲人學校設立、1887年台灣改設為行省，1894年甲午戰爭戰況、及1895年台灣民主國大總統唐景崧攜巡撫印逃離台灣至廈門一事，與當年日軍進襲接收全台的戰情變化等，深具獨特性與文獻價值。

隨著時代變遷，歷經數度更名，於1932年正式定名為《台灣教會公報》。《台灣教會公報》迄今曾2度停刊，第1次於1942年4月至1945年11月，被日本政府強行停刊；第2次於1969年4月至11月，因國民黨政府禁令，無法使用台語與白話字，而於12月改以華語與漢字編寫。

《台灣教會公報》詳實記錄了台灣基督長老教會在威權統治下的政治參與，導致1987年2月的1825期因報導228事件，遭警備總部扣押，引發教會界2度遊行抗議，迫使警總連夜趕印公報，發還公報社。

為迎接2005年《台灣教會公報》創刊120週年，台灣教會公報社於2004年製作了《台灣教會公報全覽（1885～2002）》，提供豐富的史料，有利於台灣史及台灣教會歷史的保存。

2011年起，為了更即時傳遞新聞，同時擴展《台灣教會公報》的讀者群，設立了「台灣教會公報新聞網」（Taiwan Church News Network, TCNN）。透過更環保、更豐富的網路平台，與眾教會分享訊息，讓讀者能掌握第一手的教會新聞。

TCNN初期以《台灣教會公報》內容為主，陸續將會結合各地義工記者，做更即時、多元的服務。同時也藉由《台灣教會公報》豐富的副刊內容，提供信仰造就與生活訊息。